Die Gemeinde wird von "Ältesten" (Gemeindeleiter) geleitet. Sie sind für die Leitung der Gemeinde und deren geistliche Ausrichtung verantwortlich. Zusammen mit Diakonen bilden sie den Geschwisterrat, der vorwiegend organisatorische Aufgaben wahrnimmt. Die vielen Gemeindedienste werden von Gemeindegliedern freiwillig in verschiedenen Arbeitsgruppen übernommen.

Für die wirtschaftlichen und finanziellen Belange ist die ETG Bachenbülach rechtlich als Verein organisiert. Eine Betriebskommission (ökonomischer Vorstand) ist für die Betreuung des Immobilienbesitzes und die Finanzen zuständig. In der jährlichen Generalversammlung werden die Jahresrechung und das Budget offen gelegt.

Der gesamte Aufwand des Gemeindelebens und der Infrastruktur wird durch freiwillige Spenden gedeckt. Jedes Mitglied bzw. jeder Besucher ist frei, das zu geben, was er als angemessen erachtet.